2006年马克思主义学院成功申报了思想政治教育专业硕士点。现有硕士生导师7人,设有医药伦理学、思想政治工作实务、中国化马克思主义理论、心理健康教育、中国共产党思想政治工作史等5个研究方向。我校2007年开始招收思想政治教育专业硕士研究生。截止2017年,共招收研究生43人,来自211院校学生11人。毕业学生35人,就业率100%。有17名毕业生在高校从事思政课教学和辅导员工作,1人读博,其余学生在金融机构、医药企业、港资企业、中学、培训机构、乡镇(选调生)等单位就业

2015年,根据学校要求,马克思主义学院聘请同行专家,组织以南京师范大学马克思主义学院院长王跃教授为组长的专家评审会,对我部思想政治教育专业进行诊断式评议。专家组评定,本授权点总体评价结果为合格。

我校思想政治教育专业研究生培养实行“导师负责制”和“导师组集体培养”相结合的方式。导师组由硕士生指导教师和本学科及相关学科的副教授、教授(或相当职称)3-5人组成,根据培养方案,结合研究生个人特点、科研任务等实际情况,制定研究生培养计划,对研究生进行分工指导。

2012年以来,思想政治教育专业4门课程被列为优秀研究生课程获得江苏省教育厅研究生教学改革和实践项目4项。2016年12月9日,《中国教育报》以《“老政工”上讲台  实务课讲案例——中国药科大学改革研究生思政课》为题,报道我校思政专业研究生课程改革的具体举措和显著成效。报道以一次特殊的考试——辅导员和学生身份互换为切入点,介绍了我校思政专业研究生课程在师资队伍遴选、教学模块设置、教学方法、考核手段创新等方面的探索和实践。12月4日,《江苏教育报》以《上起来“带劲儿” 思政课成“香饽饽”》为题,在头版也对此进行了重点报道。